L'origine del mojito rimane piuttosto controversa: viene spesso narrato che un cocktail simile al moijto fu inventato dal famoso pirata inglese Sir Francis Drake (El Draque) nel XVI secolo.

Quella versione era preparata con aguardiente (rhum non invecchiato) di bassa qualità, lime, acqua, zucchero raffinato bianco di canna e una specie locale di menta, la hierbabuena.

Nella metà del 1800 pare che la società Bacardi abbia dato un impulso di popolarità alla bevanda, che comunque raggiungerà la sua definitiva popolarità solo nel XX secolo.